Badan Penjaminan Mutu Internal (BPMI) UNU Cirebon bertanggung jawab atas pengembangan strategi dan rencana jangka panjang universitas, termasuk rencana pengembangan kurikulum, pengembangan program studi baru, dan pengembangan kerja sama dengan universitas dan industri lainnya. Biro ini juga bertanggung jawab atas pengelolaan riset dan pengembangan di universitas.
